当蒙元灭宋的时候，中国文明几乎遭受到了毁灭性的破坏，人口的大量被屠杀，文化的破坏，无论北方南方都是如此。而与此同时西方却没有受到蒙古大军的屠杀破坏，相反由于蒙古西征，把大量东方先进的科技文化传播到西方，刺激西方，鞭策西方，西方也开始了文艺复兴，走向了上升的轨道，而西方重新崛起所借助的也并非他们自身，正是得益于外力的刺激，借助了阿拉伯文明保存的大量古希腊古罗马典籍。
文明兴衰起伏波动是正常现象，任何一个国家，任何一个民族都不可能在所有时候在所有领域都保持先进，一时的局部的落后，并不可怕，关键是能否海纳百川，能否在保持自己独 立研究能力的同时，勇于吸纳引进外国的先进思想和技术，不盲目自大，也不盲目随从。中国的文明一向具有开放精神，容纳异端的精神，海纳百川的精神，这正是一个文明高度自信，高度具有活力的表现。可贵的是，在明朝，中国没有丧失这样的精神。
综合来看，明朝的中国，是中国历史上，思想最开放，眼界最为远大，统治者阶层对于传播引进外国先进思想技术最为热心，心态也最为良好的时期，这和明代本身经济的高度发展，思想的高度活跃，广大知识分子的以天下为己任的意识空前高涨是分不开。
明朝前期是文明的恢复期，后期是文明的崛起期。正是在明朝统治下，经济的发展，文化的空前普及，士大夫阶层的活跃，哲学思想的突破，使得原来几于毁灭的中国文明挽回了颓势，重新焕发出多样多采的的活力，重新显示出人性的尊严，个性的张扬。
中国历史上在春秋战国以后再一次呈现出百花齐放，百家争鸣的活局面，再一次表现出对科学的空前兴趣，
明朝晚期，西方传教士进入中国是以传教为目的，他们的本意决非是好心好意来传播科学的，但是结果他们不得不和中国知识分子合作翻译出版大量的科学书籍。并非他们象白求恩这么具有国际主义精神，而是当时明朝知识分子对科学的热情和关注远远超出了对宗 教的关注，传教士要想为传教开辟通路，要想取信于中国的知识分子士大夫，赢得他们的尊敬与看重，就必须出版科学书籍，就必须传播西方的科学，否则他们几乎寸步难行。
当传教士取得了士大夫的信任，取得在中国居住和旅行的资格以后，他们对翻译传播西方科学的热情就极度减弱，当中国知识分子要求他们翻译时候，往往寻找各种理由推脱搪塞，难以搪塞的时候，才勉强答应。传教士本来到中国以传播宗 教为目的，到结果却变成了不得不传播科学，这种现象本身就意味深长。
（以利马窦到中国来传教的经历为例，就足够能说明问题。一开始他为传教而传教，结果到处碰钉子，相当不顺利，后来他改变了态度，宣扬西方科技，马上就改变了处境，招徕了大批中国士大夫的亲徕，影响也越来越大。先是瞿太素跟随他，后来向利玛窦学习数学的人多起来。著名学者李心斋的儿子，然后是他的两个学生。再然后是当时的翰林王肯堂的学生张养默等等。当利马窦要张养默去传播***的时候，张养默却告诉他，这“纯属浪费时间，他认为以教授数学来启迪中国人就足以达到他的目的了”，张养默曾经想要翻译几何原本，但这时利马窦反对这种翻译，因为他意图根本不在此。
直到后来利马窦到了京城之后，发现如果他不给中国的士大夫阶层提供更新更深入的西方科技知识，他们的交往就变的相当消极，来拜望利玛窦的人员远不如从前。这才同意了徐光启翻译几何原本的要求。但实际上利马窦答应的也是相当勉强，他的想法是直接翻译西方的历法书籍，这样可以作为打开宫廷的敲门砖，但徐光启坚持说“算术者，工人之斧斤寻尺，历律两家旁及万事者，……此事不能了彻，诸事未可易论”，利马窦这才勉强同意。在翻译的过程中，大量明朝的中国最高等级的官员和士大夫都参与进来研讨商量，如杨廷筠、李之藻、叶向高、冯应京、曹于汴、赵可怀、祝宰伯、吴大参。其中的叶向高在万历三十六年以后，曾经三次担任过内阁首府，这是明朝最高级别的文官了。
利马窦去世以后，澳门教会当局曾经借口传教士应以传教为根本，不准从事散播科学的工作。当熊三拔在徐光启要求合译《泰西水法》的时候，就表现的吞吞吐吐，以至让徐光启感到非常不满意，甚至说出“可以窥见其人”的话来。）
明晚期乃至到明末，不仅中国的传统科学的一些领域，开始经历自我革新，自我蜕皮的过程，展现出新的活力，而且由于知识分子遍及全国上下对科学热情的高涨，对西方先进技术的热情引进，中国的科学正在呈现出不仅弥补自身固有的弱点和缺陷的趋势，而且有理由断言，当西方科技和中国本土的融合之后，中国的科学完全可能在发展势头上超越西方。
这不仅是因为中国科学的发展，本身不象西方有宗 教的重重阻挠和各种思想障碍；也是因为作为科学基础和潜在动力的哲学思想而言，当时的中国远远领先于其他国家，几乎领先超前了世界两百年左右的时间，无论唯物主义，唯心主义都是如此。只要通过容纳吸收外来科学技术的优点，弥补中国科技固有的缺陷，发展和前进绝对不是问题。
明朝晚期，一方面是中 央政府控制力量不断趋于衰弱，另一方面是民间力量不断崛起壮大，舆论的力量，思想的力量，经济的力量，无不如此。
人性的张扬、个性的独 立、党争不断、讲学书院的林立、海上贸易空前的繁荣、市民和手工业阶层的力量登上政治舞台，所有这一切都显示中国文明正在经历一个化蛹为蝶的关键时期。任何文明的进化，都必然要经历一个这样的过程，否则只能停滞不前，只要经历了这样一个文明动荡整合的过程，中国文明必然重新放射出耀眼的光芒。重新执世界文明的牛耳。
而这一个阶段，化蛹为蝶的阶段，却又恰恰是一个文明最虚弱最脆弱，最缺乏抵御野蛮的外敌侵袭能力的时机，然而不经历着这样一个阶段，文明就无法实现自身的进化。不幸的是，正是在这个阶段，明朝的中国遇上满清这个尚处于野蛮的奴隶制阶段的政权的侵略，文明进化的过程被人为打断了，终止了。
明朝灭亡以后，情形发生了急剧改变。满清的残暴统治，使得大部分知识分子对科学的热情急剧衰减，和西方传教人士合作翻译科学著作的情形已是凤毛麟角，甚至连个别热心科学的传教士自己上呈给满清皇帝的科学著作也被达入冷宫。原先被大量应用于经济国计民生的技术机械，到了满清，完全沦落为满清那些愚昧到极致的皇帝的个人玩物。此外疯狂的屠杀，经济的破坏的，文化的摧残就更不需要多说了。
徐光启在1629年给崇祯皇帝的奏折中提出“欲求超胜，必须会通；会通之前，必须翻译”（比起满清时期“开眼看世界的第一人”提出的“师夷长技以制夷”的口号不知多了多少的实干与自信）
真是斩钉截铁，字字有力！以翻译为手段以超胜为目标，这是何等气魄，又是何等雄心！
这一个主张得到了崇祯皇帝的全力支持。事实上，明朝的时候，中国民间和官方已经同时展开对西方科技思想书籍的大规模翻译。
在徐光启生前，在明朝政府的支持下，围绕着编写《崇祯历书》而对西方天文数学著作进行了大规模的翻译和引入，这下面会介绍到。徐光启死后，李天经接任了他在科学方面的工作，不仅继续完成《崇祯历书》余下部分的编写，而且按照徐光启“欲求超胜，必须会通；会通之前，必须翻译”的原则，在明朝政府的支持下，继续组 织人力物力进行对其他西方科技著作的翻译。
比如《坤舆格致》是在李天经主持下，汤若望和中国人杨之华、黄宏宪合作翻译，共四卷。原著是德国学者阿格里科拉的《矿冶全书》。《矿冶全书》共十二卷，是欧洲矿冶技术的一部经典著作，书中介绍了各种金属的分离、制取和提纯方法，也详细介绍了各种无机酸的制法，包含有许多重要的化学知识。崇祯十六年（1643）十二月，崇祯皇帝批示户部将《坤舆格致》分发各地，“着地方官相酌地形，便宜采取”，只可惜，随着明朝的灭亡，崇祯皇帝的批示没有办法落实，连这本中国政府组 织中西学者合力翻译的书籍，在满清统治下也彻底散失，在愚昧的满清统治下，这是这种类型书籍的必然命运，《天工开物》都会在中国失传，更不必说别的了。
但是这本书中涉及的化学知识，实际上，有相当部分明代中国知识分子是已经掌握了（当然随着明代的灭亡，已经掌握的知识也会消失），在《中国通史 第九卷 中古时代·明时期（下册）》中第三节《西方化学知识的传入》有这样的介绍。
“中国最早记述无机酸的是徐光启的一篇手稿《造强水法》。据研究，《造强水法》即制硝酸的方法，其原文如下：“绿矾五斤（多少任意），硝五斤。将矾炒去，约折五分之一。将二味同研细，听用。次用铁作锅，约乘（盛）药外，尚有空。锅口稍敛，以承过筒。另用内外有油（釉）大坛一具，约乘（盛）四五十斤者则不裂。以玻璃或瓷器为过筒，一端合于锅口，一端合于坛口。铁锅置炭炉上。坛中加水如损绿矾之数，如矾折一斤则加水一斤也。次以过筒接锅坛二口，各用盐泥固济。锅下起火，初四刻用文火，渐加武火，满二十四刻灭火，取起冷定，开坛则药化为水，而锅亦坏矣。用水入五金皆成水，惟黄金不化水中，加盐则化。化过它金之水，加盐则复为砂，沉于底，惟黄金不能成砂必以酒靛（点）之。……强水用过无力，或有它物杂之，仍用前之器制，则复为水，滓留于锅矣。盛水坛下宜置一缸，恐一时迸破，水犹在缸也。”
此外“方以智《物理小识》提到：‘有■水者，剪银块投之，则旋而为水。倾之孟中，随形而定。复取硇水归瓶。其取硇水法，以玻璃窑烧一长管，以炼砂，取其气。道未公为予言之。’道未是汤若望的字，因此这是汤若望向方以智介绍的一种制取无机酸的方法。‘■’就是硇砂（氯化铵，■NH4Cl）。但这段记载过于简略，难于借以判断硇水（或■水）是什么物质。有学者认为，如将硇砂加入较浓硝酸（强水），则可得到王水，因此才能对贵金属（金、银）起溶解作用。也有学者认为，如将硇砂加入绿矾蒸馏，则可得到盐酸。究竟何者为是，尚有待进一步研究。方以智《物理小识》还提到：“青矾厂气熏人，衣服当之易烂，栽木不茂。”这里所说的“青矾厂气”，当指煅烧硫酸亚铁（FeSO4·7H2O）后产生的三氧化硫和二氧化硫。这类气体遇水或湿空气，会生成硫酸、亚硫酸或具有腐蚀性的酸雾，说明当时对于硫酸也有了一定的接触和认识。”
在明代李天经时期翻译的重要书籍还有《主制群征》，里面就牵涉到康熙等满清主子奴 才所认为的：“其所云人之知识记忆皆系于头脑等语，于理实为舛谬。”（人是用大脑思考的，满酋主子奴 才们至死都不相信） 根据《明清之际传入中国之西方生理学》一文，这本书介绍了神经系统，里面“ 叙述了脑的结构功能以及与脊髓连为一体。还有脑神经的数量（六对），以及其中五对的功能。脊神经的数量（三十对），并初步描述了神经之遍布全身，另外还有神经的结构。” 。值得一提的是《明清之际传入中国之西方生理学》这篇文章的题目叫做“明清之际”，但实际上里面真正介绍到书，全是明朝时期编写的。列举如下：
《泰西人身说概》（1635年）《人身图说》（相同时期），《西国记法》（1595），《性学觕述》（1623），《主制群征》（1629？1636？），《泰西水法》（1612）。这里没有一本是满清时期的书，只有一部满文的《解体全录必得》，算是满清时期的，然而这本书显然根本没有印行，只是西方传教士巴多明的手稿，是只供给满清的头目康熙一个人看的，所以所谓“现藏法国巴黎国立自然史博物馆，第2009号手稿”，以至于这个作者只能说“关于满文的《解体全录必得》，笔者未能得见，今不具论”。
在李天经时期，还有组 织编写翻译的其他三十多部天文学译著，这里就不详细说了。
接下来我们重点介绍一下《崇祯历书》
1629（崇祯二年），崇祯皇帝亲笔批准了徐光启提出的宏大的修历计划，并且要求他“广集众长，虚心采听，西洋方法不妨兼收，各家不同看法务求综合。”
徐光启奉崇祯皇帝旨，在钦天监开设西局，又于1629年-1634由徐光启，李之藻，李天经，先后以以西法督修历法。其间任用汤若望（德），罗雅谷（意），龙华民（意），邓玉函（德）等修成《崇祯历书》共46种137卷。
《崇祯历书》并非如某些人顾名思义想象的那样，仅仅是一部历书。更确切的说，这是一部在崇祯皇帝为首的明朝政府支持下修纂的一部引进西方数学天文知识的大型丛书。
在徐光启“欲求超胜，必须会通；会通之前，必须翻译”这个思想原则指导下，明朝政府开始了对西方的数学工程等书籍进行有意识有目标的大规模翻译。在徐光启看来，这些工作已经并非仅仅是为了修历本身，他说“事竣历成，要求大备，一义一法，必深言其所以然之故，从流溯源，因枝达本，兼能为万务之根本”
说的很明确，最后的目标是能成为万务之根本。
《崇祯历书》正是按照这样的目标来编写的，它被分成了基本五目。
第一，法原，这是基本理论，包括数学，天文，宇宙观等各方面的基本理论
第二，法数，这是天文学、数学用表
第三，法算，天文学计算所必须的数学知识，主要是球面三角学和几何学
第四，法器，天文测量仪器和计算工具
第五，会通，中国的传统方法和西法的度量单位的各种换算表。
正是为了实现“一义一法，必深言其所以然之故，从流溯源，因枝达本”，作为基础理论部分的“法原”，占据了最主要最核 心的部分，共有40余卷，占全丛书的1/3。这在中国历代修历法中是绝无仅有的。
崇祯历书采用了西方第谷天体运动体系和几何学的计算系统，引入地球的概念，以及地理经纬度，引入球面三角形，区分冬至点和日行最速点，引入蒙气差校正，采用黄道圈为基本大圆的黄道坐标系统，采用欧洲通行的度量单位。
在崇祯历书中《大测》、《测量全义》、《割圆八线表》、《八线表》、《南北高弧表》、《高弧表》引入球面三角学和平面三角学，《比例规解》《筹算》引入两种计算工具，和过去徐光启、李之藻等人翻译的《几何原本》《同文算指》《圆容较义》已经把西方数学中几何，算术，计算工具等基本内容系统传入了中国，而且这些工作中一大部分是在官方有意识的组 织下进行的。
《崇祯历书》所达到的成就，在当时的世界上，也是最先进的。过去常常有一种说法，说《崇祯历书》仅仅引入了第谷体系，而没有引入当时最先进的哥白尼体系，其实这种说法是错误的。明朝政府所组 织编写的这部《崇祯历书》是真正做到了崇祯皇帝所说的“西洋方法不妨兼收，各家不同看法务求综合。”
江晓原把《崇祯历书》称为是当时西方天文学的百科全书，关于《崇祯历书》和当时西方最先进的哥白尼学说的关系，他有一段话，引用如下：“
“……《崇祯历书》不采用哥白尼学说，而是利用第谷的体系。讲这些话的人，他们大概从来不看《崇祯历书》的。《崇祯历书》里面大量引用了哥白尼《天体运行论》中的章节，还引用了很多图。所以《崇祯历书》对哥白尼学说应该说没有偏见。”
“哥白尼的体系，从精度上来说可能是当时几个竞争者中最差的，因为哥白尼本人并不是一个很好的观测者，而第谷他是一个的极其优秀的观测者，他关于仪器的刻度、误差方面在当时欧洲做得是最好。它的体系在实测和理论推算之间的吻合上是做得最好的。”
“《崇祯历书》为什么不采用哥白尼体系，因为在当时哥白尼体系在理论上、实测上都还不很成功。因此当时的天文学家对哥白尼学说持怀疑的态度是很正常的。我们今天熟知的地球绕太阳转的证据，是到了18世纪才最终被发现的。我们今天相信哥白尼是对的，但是那个时候证据还没有被发现。所以《崇祯历书》采用了第谷的体系。《崇祯历书》对一些欧洲重要天文史上比较重要的学说，包括哥白尼的学说，都做了介绍，并且把哥白尼作为欧洲历史上最伟大的四个天文学家之一。”“从精确程度上来说，当时是第谷体系最好。但是他们对哥白尼并没有偏见。按照今天的看法，有的人觉得他们给哥白尼的地位太低，但是以客观的立场来分析的话，他们的态度应该说还是实事求是的，是恰当的。”
明亡以后，曾参与编写《崇祯历书》的西方传教士汤若望无耻的把《崇祯历书》剽窃据为已有，改名《西洋新法历书》，献给了他的满清主子，可惜此人在满清统治下也并未得到善终，1664-1669历狱中被控以各种罪名，差点被凌迟处死，在监狱里饱受折磨摧残，最后虽然放出，但也终于在1666年因为经不起折腾而一命呜呼。
徐光启关于历法，关于科学的宏大规划，长远设想在满清的统治下自然全盘落空。所谓的“欲求超胜，必须会通；会通之前，必须翻译” ，连翻译都寥落的情况，会通超胜更无从谈起，在满清统治下的，将近两百年的时间里“钦天监”这个职位全部由西方传教士担任。并非是汉人当中没有这样的人才，而是有了人才，满清也根本不能用，当然更谈不上去培养这方面的人才，出于根深蒂固对汉人的恐惧心理排斥心理，他们宁愿用西方人。导致的结果是一般中国历局官员只知道依照现成的方法和数表推算节气、天象，而不了解作为基础的理论，徐光启苦心孤诣组 织编写的“法原”，在满清愚昧的统治，丝毫没有发挥作用。实际上清廷把《崇祯历书》剽窃以后，采用的也是删节本，《崇祯历书》原书几乎失传，能让现在的人看到全貌已经算是相当侥幸的事情了。徐光启所设想的不断根据科学的进步，理论的发展来修改《崇祯历书》，以便更精确，更严密，在满清的愚昧统治下自然也不可能成为现实。